Matematické modelovanie génovej expresie


Matematické modelovanie génovej expresie

Členovia výskumného tímu z KAMŠ

  • doc. Mgr. Pavol Bokes, PhD.
  • Candan Çelik
  • Mgr. Iryna Zabaikina

Génová expresia predstavuje súbor procesov, ktorým sa informácia zakódovaná v genetickej predlohe používa na tvorbu aktívnych molekúl, predovšetkým bielkovín. Rozvoj nových technológií umožňujúcich meranie expresie génov na úrovní jednotlivých molekúl, jednotlivých buniek a v reálnom čase motivuje výskum matematických modelov popisujúcich dynamiku génovej expresie. Na katedre sa venujeme prístupom využívajúcim predovšetkým metodiku diferenciálnych rovníc a stochastických simulácií.

Výber publikácií

  1. Bokes, P., King, J. R., Wood, A. T., & Loose, M. (2012). Exact and approximate distributions of protein and mRNA levels in the low-copy regime of gene expression. Journal of mathematical biology, 64(5), 829-854.
  2. Singh, A., & Bokes, P. (2012). Consequences of mRNA transport on stochastic variability in protein levels. Biophysical journal, 103(5), 1087-1096.
  3. Bokes, P., King, J. R., Wood, A. T., & Loose, M. (2013). Transcriptional bursting diversifies the behaviour of a toggle switch: hybrid simulation of stochastic gene expression. Bulletin of mathematical biology, 75(2), 351-371.
  4. Soltani, M., Bokes, P., Fox, Z., & Singh, A. (2015). Nonspecific transcription factor binding can reduce noise in the expression of downstream proteins. Physical biology, 12(5), 055002.
  5. Bokes, P., & King, J. R. (2019). Limit-cycle oscillatory coexpression of cross-inhibitory transcription factors: a model mechanism for lineage promiscuity. Mathematical Medicine and Biology: A Journal of the IMA 36(1), 113–137.